全站内设机构共4个，分别是办公室、综合业务室、自动化监测室、环境研究室。其主要工作职能是开展生态环境执法监测、污染源监督性监测、环境应急监测及地方需要的环境质量监测工作，承担辖区生态环境监测网的建设和运行相关工作，收集、管理、分析生态环境监测数据。
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