近年来，鄂州农民专业合作社快速发展，2013年，农业产业经营组织达815个，仅2013年一年就新增农民专业合作社113家；合作社范围基本覆盖了鄂州种植、养殖、蔬菜、水果等传统产业、特色产业和新型产业；合作形式多样化，既有基层专业合作社、专业协会，也有区域性的联合社、联合会以及农产品行业协会等，既有劳动、技术、产品销售的联合，也有资本的联合。与之相对应的，鄂州农民专业合作社在发展的同时也存在一些问题，表现在以下三方面：
一、政策宣传普及率不高、认识不够。当前鄂州乡村干部和许多群众对农民专业合作社的相关知识知之甚少，对合作知识的缺乏是制约目前鄂州专业合作社发展的重要因素之一。有的合作社是乡村为完成新农村建设任务一手炮制出来的；有的是养殖户为了减免工商税收和享受优惠政策成立的，这必然导致形式办社，有名无实，合作社起不到应有的作用。
二、合作社运行资金短缺。由于鄂州市绝大多数合作社是近三、四年内新成立的，起步较迟，经济基础薄弱，共同积累少，得到国家项目扶持的合作社只是极少数，因此多数合作社可用资金主要来自成员入社的股金。而不少合作社当初为了不影响农户入社的积极性，股金定的都比较低，有些只是象征性地收取了一些会费，致使已成立的这些合作社多数因资金短缺，运转艰难，无法发挥农民专业合作社的积极作用。
三、管理运作欠规范。鄂州农民专业合作社内部管理不规范问题比较突出。虽然大部分合作社制定了章程，设立了理事会、监事会、社员（代表）大会等必要机构，但有些还流于形式，很少组织活动，没有相应的经济业务和服务内容；有的合作社没有严格执行“一人一票、按交易量返还”等合作社的基本原则，民主管理、民主决策意识差。
